全新 Amber26 + AmberTools26 版本发布

2026 年 4 月 30 日，AMBER 分子动力学软件正式推出 Amber26 与 AmberTools26 新版本，新增多项功能并完成多处性能优化。

AMBER 是业界老牌分子动力学（MD）软件套件，主要用于蛋白质、核酸、蛋白 - 配体复合物等生物大分子的模拟仿真，广泛应用于药物研发、结构生物学、生物分子建模及材料交叉领域的高校科研团队与工业研发机构。

从超算与算力架构角度来看：AMBER 负载非常适配新一代 NVIDIA GPU，同时依赖高速存储、充足 CPU 核心与内存来保障 GPU 算力持续满载。因此，硬件平台选型与运行环境部署，是版本平滑升级的关键环节。

Amber26 在高级模拟算法、体系建模构建、隐式溶剂工具三大维度完成全面更新。

• 若运行炼金术自由能及其他高级模拟工作流，升级后建议开展短期结果验证。

• 团队共享计算环境场景下，优先采用可复现安装、版本锁定策略，并配套小型回归测试用例集。

• GPU 计算节点批量升级前，务必提前核验显卡驱动与 CUDA 版本兼容性。

以下为 AMBERMD 官方更新日志原文直译：

一、高级算法功能增强

• 优化炼金术变换路径 / 软核势与炼金术增强采样（ACES） 方法；

• 新增高级 Lambda 调度策略，提供优化相空间重叠的 Lambda 间隔配置工具；

• 支持骨架跃迁与绝对结合自由能计算，可通过 Lambda 依赖型Boresch键、键角、二面角约束实现；

• 新增 Lambda 依赖型 RMSD 拟合约束，适配浮动参考分子骨架体系；

• 引入非平衡功框架（Jarzynski、Crooks 方程），支持炼金术自由能变换及端点（如分子力学→量子力学、分子力学→机器学习）封端模拟；

• 提供面向蛋白 - 配体结合热力学网络图的全域炼金术自由能高级分析算法，支持环路闭合与实验约束拟合。

• 优化副本交换分子动力学（REMD） 结构池配置，新增氢副本交换（H-REMD）结构池，并支持温度副本交换（T-REMD）柔性温度设置；

• 支持高斯加速分子动力学（LIG-GaMD）。

二、全新体系建模构建能力

• 新增木质素力场；

• 增强 LEaP 工具对超大体系的适配性，扩展 PDB 格式兼容，大幅提升参数化计算速度；

• Antechamber 工具同步升级 GAFF2 力场，新增 MMCIF 格式支持；

• 支持通过 Antechamber 调用 QUICK 程序计算 RESP 电荷；

• 全新交互式工作流管理器 ProPrep：专为金属蛋白等体系的 AMBER 分子动力学、量子力学 / 分子力学（QM/MM）模拟提供一站式建模流程。

三、隐式溶剂算法优化

• PBSA 模块新增基于张量的泊松 - 玻尔兹曼求解器后端，支持 GPU 加速、预处理及无矩阵运算模式；

• 内置 LibTorch 提供 2.5.1、2.10.0 双版本，CUDA 兼容版本扩展至 11.8~13.0 全区间；

• 新增隐式溶剂 - 显式离子复合溶剂模型（GBION），参数完成精细化调校，适配 DNA、蛋白 - DNA 复合物体系，尤其适配核小体结构模拟；

• 引入高精度dSASA算法，用于非极性溶剂化自由能计算中的溶剂可及表面积求解，同时输出分子动力学模拟所需作用力参数。

AmberTools26 承载日常模拟体系前处理、结果分析核心工具集。其版本更新至关重要，直接决定大分子建模、分子参数化、项目后处理全流程的稳定性。

• 适配多设备基于 Conda 的工作流，保障安装与环境一致性；

• 优化预处理工具与文件格式兼容，降低超大体系、新型结构格式的使用门槛；

• 升级分析工具输出规范，避免自定义脚本因输出格式变动影响结果可复现性。

对绝大多数科研团队而言，工作流工具迭代比单纯峰值性能提升更具实际价值。版本升级的核心目标：保持计算结果一致、规避多用户多节点的环境兼容问题。

以下为官方新增功能摘要（后续还将持续更新）：

• 优化 Conda 二进制安装包；

• 新增 proprep 工具包，引导用户完成模拟体系全流程预处理；

• 上线 packmol-memgen 图形化界面工具 packmol-memgen-gui；

• 增强超大体系 PDB 结构文件兼容支持；

• 支持通过 Antechamber 调用 QUICK 计算 RESP 电荷；

• 新增 dSASA 溶剂可及表面积计算方法；

• 内置 LibTorch 双版本适配，CUDA 支持 11.8~13.0；

• PBSA 集成张量基泊松 - 玻尔兹曼 GPU 求解器；

• 新增及更新多款力场：更新氢键参数的 RNA 力场、静电相互作用极化高斯模型（pGM）全新迭代版本；

• cpptraj 工具重大更新：新增基于 CPPTRAJ 的 prmtop 拓扑文件生成工具 build（详细更新日志可查阅官方文档）。

• 高级算法新增功能将重构自由能、增强采样等专属模拟流程的搭建方式；

• 在配置一致、驱动栈稳定前提下，GPU 性能表现可保持稳定可控；GPU 仍是算力核心，配套高速存储保障 GPU 满载吞吐同样关键；

• 团队共享计算环境需制定分批上线方案：先完成安装测试、小规模回归验证，再全员扩容开放使用。

可阅读行业专家联合评测博客。现有基准基于历史版本实测，官方专家确认：跨版本性能提升幅度并不剧烈，基准数据仍具备参考价值。

授权与下载

• 可在官网申请免费下载使用 AmberTools26；

• Amber26 需商业授权：高校及非营利机构免费授权，企业及工业机构需付费授权。

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